조선시대부터 소난지도는 삼남지방의 조세선 기항지로 식량 확보가 용이하고 내륙으로 이어진 수로를 이용해 주재소를 습격해 무기를 탈취하는 등 내포지역 의병운동의 중심지였다.

1908년 3월 15일 처절한 항일의병전쟁이 일어난 장소였던 이곳의 의병활동은 크게 두 번으로 나눠지는데, 1906년 당진 면천 출신인 최구현 의병장을 중심으로 면천성을 공격했던 사건과 1907년 정미조약에 의한 군대 강제해산 이후 홍원식 의병장의 활약했던 시기로 구분된다.

특히 1908년 3월 15일 당진지역 의병운동의 근거지를 소난지도로 판단한 홍성경찰분서가 소난지도를 기습공격을 감행했고, 이들에 맞서 싸운 홍원식 의병대는 격렬한 전투 끝에 41명이 전사하고 50여 명이 행방불명 됐다.

이들의 항거는 이후 구전으로만 전해오다가 1970년대 석문중학교 교사와 학생들의 힘으로 고증작업이 이뤄졌으며, 이후 2009년 의병 항쟁 추모탑이 건립됐으며 매년 6월 1일 소난지도 의병 추모행사가 개최되고 있다.

2017년에는 의병총의 역사적 의의를 인정받아 국가지정 등록문화재 제629호로 지정되었다.